Lực lượng Kiểm ngư VN được tổ chức từ Trung ương đến các Vùng. Cục Kiểm ngư có trụ sở chính tại Hà Nội; năm Chi cục Kiểm ngư Vùng trực tiếp thực hiện nhiệm vụ tuần tra, kiểm tra, kiểm soát, phát hiện, xử lý vi phạm pháp luật trên các vùng biển Việt Nam.

Trang bị

Sáng 10/7/2013 Quốc hội đã khai mạc phiên họp thứ 19, trong đó Chính phủ đã có tờ trình đề xuất trang bị vũ khí cho lực lượng kiểm ngư. Theo đề xuất này, kiểm ngư là lực lượng hoạt động độc lập, có nhiệm vụ trực tiếp tuần tra, kiểm tra, kiểm soát, phát hiện và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật về thủy sản trên các vùng biển Việt Nam... Đây là lực lượng thường xuyên phải đối mặt với các hành vi vi phạm pháp luật, nhưng hiện nay mới chỉ được trang bị công cụ hỗ trợ. Vì thế, Chính phủ đề nghị trang bị vũ khí quân dụng cho kiểm ngư khi thi hành nhiệm vụ.[5] Sáng ngày 12/7/2013 UBTVQH chính thức chấp thuận đề nghị này.
28/3/2014Ngày 15/4/2014, Bộ NN&PTNT tổ chức lễ ra mắt lực lượng Kiểm ngư VN. Kiểm ngư Việt Nam được trang bị gồm tàu cỡ lớn nhất là tàu KN-781. Đây là biến thể của thiết kế tàu tuần tra DN-2000 đóng cho lực lượng Cảnh sát biển Việt Nam với một số khác biệt nhỏ.Ngoài ra còn có hàng loạt tàu cỡ lớn và cỡ trung, trong đó có tàu KN-762 cùng hàng loạt tàu Kiểm ngư cỡ nhỏ tại các tỉnh. Về vũ khí ngoài súng bắn đạn nhựa, hơi cay, dùi cui điện, lực lượng Kiểm ngư sẽ được trang bị thêm một số loại vũ khí quân dụng như súng ngắn, súng trường, súng liên thanh….[6]